Немного повозился с Ultra MPEG-4 Converter ( вариант Aone FLV to AVI MPEG WMV 3GP MP4 iPod Converter), с PocketDivXEncoder и iriverter.
Пробовал один их тех проблемных файлов, конвертацию которых PocketDivXEncoder'ом плеер не воспринимает. Что вышло:

1. Совершенно без разницы какой профиль выбирать в Ultra MPEG-4 Converter креатив или pmp100, файлы совершенно одинаковые.
2. при конвертации при размерах 320х240 плеер нормально все воспринимает, при конвертации при 320х200 плеер файл не воспринимает
3. В связи с этим попробовал изменить размеры в PocketDivXEncoder. Файл плеером стал восприниматься, но
а. Если изменять размер без соблюдения пропорций то экран растягивается, что не есть гуд
б. Если изменять размер с соблюдением пропорций то экран просто увеличивается и хотя плеер такой файл так же воспринимает, но не вся картинка вписывается в размеры экрана плеера.
4 Iriverter и Ultra MPEG-4 Converter лучше работают с соотношением сторон в проблемных файлах.
5. У Iriverter файл получился меньшего размера, но не знаю насколько соответствует парметр видео "Good" в Ultra MPEG-4 Converter с выcтавленым у меня в iriverter maxVideoBitrate=384
6. Скорость конвертации примерно одинаковая.
7. Плюс Ultra MPEG-4 Converter в том, что умеет выключать комп по завершению. Но по скольку iriverter, в отличае от Ultra MPEG-4 Converter показыает оставшееся время, а не процент обработаного и существовании программ подобных Switch Off то и это можно решить.
8. Но видимо стоит все же подумать о Ultra MPEG-4 Converter

PS
Забавно в разнице между FLV to AVI MPEG WMV 3GP MP4 iPod Converter и Ultra MPEG-4 Converter:
Первый, как и следует из название, через кнопку добавить видит, только FLV-файлы. ультра видит все. Но если просто кинуть мышкой файл в панел задач программы, то обе программы воспринимают любой файл. Правда конвертировать непосредственно FLV to AVI MPEG WMV 3GP MP4 iPod Converter я не пробовал, но думаю, что все сработает